گروه میکروب شناسی همزمان با تشکیل دانشکده پزشکی دانشگاه شاهد ایجاد و فعالیت خود را آغاز نمود. در ابتدا صرفاً درس میکروب شناسی پرستاری توسط اساتید گروه تدریس می­شد و برای تدریس باکتری شناسی پزشکی و دندانپزشکی از اساتید دانشگاه تهران به صورت مدعو استفاده می­ شد اما با گذشت زمان و جذب تعداد بیشتر اعضای هیئت علمی، اساتید گروه تدریس کلیه واحدهای میکروب شناسی (نظری و عملی) و ویروس شناسی (نظری و عملی) مربوط به دانشجویان پزشکی، دندانپزشکی، پرستاری و اتاق عمل بر عهده این گروه نهاده شد. همچنین تدریس واحد میکروب شناسی عمومی دانشجویان رشته مهندسی کشاورزی گرایش باغبانی و تدریس واحد میکروب شناسی دانشجویان رشته زیست شناسی دانشکده علوم پایه نیز بر عهده این گروه بوده است.

گروه میکروب شناسی از سال ۱۳۸۶ اقدام به پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد میکروب شناسی پزشکی نمود و هم اکنون ۸ نفر در این مقطع مشغول به تحصیل هستند. همچنین از سال ۱۳۹۵ پذیرش در مقطع دکترای باکتری شناسی پزشکی (Ph.D) آغاز گردید و هم اکنون ۱۲ دانشجو در این مقطع مشغول به تحصیل هستند.